为了加强医学信息工程学院与海内外校友的联系，促进学院和校友之间的交流与合作，扩大学院的影响，增强学院的凝聚力，推动学院各项事业的发展，使校友会成为学院与校友之间的桥梁和纽带，成立校友会理事会和各部门组成，校友会下设办事机构。

校友会机构共设立以下六个部门：

1. 校友会理事会

负责校友会的整体运营和决策事宜，协调校友会各部门工作，负责与学校沟通联络。理事会设立理事会设会长1名，副会长2名。

2. 校友会组织部

负责各地校友会组织与建设，主持各会、各部门的换届工作；负责校友会文件资料的立卷归档工作。组织部设立部长1名，副部长2名。

3. 校友会宣传部

加强校友会宣传合作；宣传优秀毕业生所在岗位及优秀事迹；策划校友会大型活动与对外宣传活动。宣传部设立部长1名，副部长2名。

4. 校友会文体部

组织各地区校友会之间的文学及工作交流活动；组织校友会的大型联谊活动；加强校友会的联系，丰富校友会成员们生活，提高校友会的凝聚力。文体部设立部长1名，副部长2名。

5. 校友会基金部

负责校友会基金的收入与支出，负责挖掘整合校友资源，促进校友在资金、政策、环境等方面对学校工作的支持。基金部设立部长1名，副部长2名。

6. 校友会联络部

通过充分运用文字、图片、视频等多种形式，依托网络为媒介，负责维护运营校友会网站，微信公众号等。展示校友会风采，扩大校友会影响。联络部设立部长1名，副部长2名。